Uma outra composição da série 1700 (nº 127), que estava estacionada na mesma linha pelo mesmo motivo e que já havia sido esvaziada, perdeu os freios em um trecho de descida, percorreu 5,5 quilômetros em oito minutos e colidiu com o trem estacionado na estação Perus.
O acidente deixou nove mortos e 115 feridos e destruiu a estação Perus.
A CPTM sabia desde 1995 que o trem não ficava estacionado em descidas, entretanto responsabilizou, em sua sindicância interna, o maquinista da composição que perdeu os freios pelo acidente, dizendo que o mesmo deveria ter "calçado" o trem, "negligência comparável à do motorista que passa o sinal vermelho", segundo a CPTM.[6] Já segundo a Polícia Civil, houve uma sucessão de falhas que culminaram no acidente:
-Às 19h15, queda na rede de energia elétrica entre as estações de Jaraguá e Perus;
-Entram em pane os três sistemas de freios do trem que causou o acidente;
-Depois de ter sido esvaziada e sem freios, a 127 começa a se movimentar rumo à estação Perus, onde estava parada a 1103. O maquinista principal, Oswaldo Pieruti, depois de ter avisado o Centro de Controle Operacional (CCO) da CPTM desce da composição para tentar detê-la, colocando nos trilhos travas de madeira, sem sucesso. Somente Selmo Quintal, maquinista em treinamento fica no trem;
-Desgovernada, a 127 rompe a rede de energia elétrica aérea;
-Acontece o choque, 9 pessoas morrem e 115 ficam feridas, as duas composições e a estação é destruída.
A Estação Perus foi reaberta três dias depois, sem a cobrança de tarifa, porque "não apresentava condições para isso", segundo o secretário de transportes metropolitanos na época, Claudio de Senna Frederico.
A estação foi sendo reformada aos poucos e a situação se normalizou com o passar dos dias.
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